統帥部下面按軍種分設海陸空三軍總司令部。總司令皆由國防部長即歐陽雲擔任。副司令級別的高級軍官方面，學兵軍入職的人員有，蔣光鼐任陸軍第三副總司令，楚天歌任陸軍第五副總司令，李鐵書任陸軍第二副總參謀長；鐵林飛任空軍第二副總司令，王海任空軍第三副總司令；陳策任海軍第一副總司令，陳師昌任海軍第三副總司令，陳遠洋任海軍第二副總參謀長。三軍總司令部下面，是僅次半級的戰略司令部。歐陽雲提出成立戰略司令部，馮玉祥和李宗仁等人曾表示不解。而歐陽雲在一再囑咐他們保密，然後亮出最新型的地對地導彈以後，他們才明白了該單位的重要性。戰略司令部不僅轄制導彈部隊，而且還將全權負責反諜戰和情報工作，該單位成立以後，將會設兩個下屬部門，一為央情報局，再就是戰略防禦辦公室。戰略司令部總司令由木劍蝶擔任，常根則任央情報局局長，戰略防禦辦公室主任則由顧戀雲擔任。

    統帥部取代軍事委員會，軍事委員會時期的戰區自然也要重新劃分。這正是這次會議的心議題，在歐陽雲相繼宣讀了馮玉祥、陳誠、李宗仁、鄧錫侯等人在統帥部的任命以後，這個議題隨即被提上議事日程。馮玉祥最終沒能得償所願，不過，陸軍第一副總司令，加上歐陽雲答應撥給他一個警衛師的編制，也算是對他這位老前輩給出了不錯的交代。所有人的任命里，事關陳誠的算是焦點。陳誠不僅出任副國防部長，而且還將兼任陸軍總參謀長。而土木系除了他之外還有兩個人獲准入職統帥部，他們分別是擔任統帥部軍情諮詢室室長的林蔚，再就是出任空軍總參謀長的周至柔。

    歐陽雲關於統帥部司令級別的高級軍官的任命，其實是政治上的妥協的結果。任命宣布畢，自然有人歡喜有人憂，也有不屑一顧的。不過好在沒有人當場提出質疑，這也算是陳誠出任副國防部長帶來的好處之一了。

    有關戰區的重新劃分，實際上關係到各派將來的生存和發展空間，至少，與會的人裡面十有是這麼想的，所以當歐陽雲一宣布出來，本來還在交頭接耳的立刻閉嘴不言，本來端坐著的也不禁身子挺直，一個個正襟危坐，變得慎重其事起來。

    在聯合政府組建前，按照軍事委員會的劃分，全國一共被劃分為十二個戰區。軍事委員會當時劃分戰區的標準是完全以地域為標準，而隨著戰事的進展，很多戰區實際上已經全部被日軍占領，部隊也不得不退往後方或者進入別的戰區。說得不客氣一點，這些戰區等於失去立足之本，實際上已經可以取締了。老蔣當時沒有這麼做，那麼現在歐陽雲呢？這是所有人關注的焦點。

    十個戰區司令長官，除開遠在山西的第二戰區司令長官閻錫山、遠在甘肅的第八戰區司令長官朱紹良、遠在察哈爾的翼察戰區司令長官傅作義，還有正在前線的張發奎，應到六人，實際上卻只到了四人。他們分別是第五戰區司令長官李宗仁、第九戰區司令長官楊森、第十戰區司令長官蔣鼎，再就是蘇魯戰區司令長官于學忠。這四個人裡面，于學忠算是歐陽雲的老部下，李宗仁和楊森則和歐陽雲私交不錯，所以他們肯定會到。而蔣鼎則是因為部隊在陝西幾乎消耗光了，他想東山再起便只有依賴於「央」，算是不得不來。沒到的兩人，一個為第一戰區司令長官衛立煌，再就是第三戰區司令長官顧祝同。

    衛立煌不來，一是因為其夫人剛剛病亡，二則是正忙著營救失陷在程度的女兒和兒子。衛立煌的第一戰區在河南還控制著不少地區，他之所以被調回重慶，那是因為他和*走得太近，引起了老蔣的警惕，老蔣特地調他回來是想著敲打敲打他，給他懸崖勒馬的機會的。不過時事造人，因為日軍緊接著就發動了「秦嶺作戰」，再加上他夫人病重，他就此滯留重慶，居然失去了重返河南前線的機會。

    顧祝同不來則是因為狐十三和他的三泰游擊縱隊。41年狐十三剛剛將三泰游擊縱隊的架子搭起來的時候，顧祝同所部與新四軍發生摩擦，雙方在黃橋大打出手，顧祝同曾電令狐十三支援。然狐十三卻以學兵軍不打自己人為藉口拒絕了。是役，gmd十萬大軍被新四軍七千人擊敗，顧祝同的心腹愛將89軍軍長李守維也在逃跑途淹死，這直接造成了gmd軍在江蘇境內無法立足，乃是顧祝同心頭的一大恨。顧祝同事後總結原因，不提所部戰力不行，卻將責任推到三泰游擊縱隊身上，認為正是因為狐十三的見死不救