南宋時期，東南一帶摩尼教更加活躍，名目繁多，淮南稱二檜子，兩浙曰牟尼教，福建曰明教等。尤以福建明教為盛。

    當時摩尼教也常被農民用作組織民眾反抗封建統治的工具。

    貞明六年（920年），後梁陳州人毋乙、董乙以摩尼教發動民眾造反。

    後唐、後晉時農民利用摩尼教進行反抗鬥爭之事亦「時復潛興」。

    北宋末年，方臘以明教發動農民起義，攻占七州四十八縣，聲勢遍及今浙江、蘇南、皖南和贛東北。

    後起義被鎮壓，明教亦遭禁止，北宋統治者將其誣為「吃菜事魔」的邪法魔教。但民間信仰明教的習俗無法禁絕，南宋時期仍有農民利用摩尼教組織民眾起義，摩尼教遭到更嚴厲的禁止，不得不轉入秘密傳教。

    元初，統治者允許摩尼教傳教，東南一帶摩尼教得以恢復和發展。元中葉農民又利用摩尼教從事反抗鬥爭，摩尼教於是再次被禁止，在民間轉入秘密活動。

    明太祖惡明教上通國號，遂欲毀其宮宇，擯逐教徒。因一些大臣乞請保留，才置而不問。

    但明初朝廷仍視明教為左道亂正之術，律令規定，凡以此煽惑民眾，為首者處以絞刑，從者杖責一百，流放三千里。

    因此摩尼教至明代已趨衰敗，但民間仍有傳習者。清初沿襲明律禁止摩尼教。

    摩尼教從唐以來，經歷代與佛、道等融合、變化，已逐漸從朝野記載中消失。

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