三月二十九日,張名振、張煌言率水師六百餘艘戰船再入長江,順風溯流而上,過京口(鎮江境內),直抵儀真,在儀真城外江中焚毀滿清鹽船數百艘。⊙。⊙消息傳到江寧，清江南總督馬國柱急忙調兵遣將,對深入長江的明朝海師進行攔擊。張名振等人在儀真停留的時間很短就返航東下,撤回崇明一帶的沙嶼稗沙、平洋等處,此次入江是為二入長江之役。

    五月十八日,張名振因兵員、餉銀不足,難以支撐其部繼續抗清，遂由張煌言統兵舟山，其親自南下浙江溫州買米七船,又到福建廈門面見鄭成功,要求鄭氏提供兵員、火藥、器械等物資以供張部堅持鬥爭。時正與滿清福建當局「和談」的鄭成功為了加大談判籌碼，答應張名振的請求，派忠靖伯陳輝統水兵五千、陸兵一萬、大船近百艘北上支援。

    鄭成功的支持讓張名振認為不虛此行,回舟北返。九月初六,張名振部進抵上海縣城下,清朝上海知縣嚇得癱瘓於地,城中百姓喧傳張軍乃「王者之師」,紛紛響應，或擊殺清軍兵卒，或恐嚇清朝官員，或圍攻衙門。一時之間，上海有為明軍收復之危險。清江寧巡撫周國佐在接到松江府的急報後，立即火速領兵來援，以屠城相威脅上海百姓,這才穩定了上海局勢。無法得到上海百姓內應的張名振被迫率部撤返。

    自上海退兵後，張名振和張煌言合計後認為當再率軍進入長江，這一次不再是僅入江口，而是直入江寧，以打擊清廷在江南的統治，瓦解人心。十二月，二張等率軍乘船四百餘艘溯江而上,十八日由三江營駛過焦山,直抵南京郊外的燕子磯。

    突然出現在南京城外江面上的明軍水師戰船嚇得城中清朝官員驚呼「咫尺江寧,勢甚披猖」。滿清兩江總督馬國柱、提督管效忠為防明軍圍困江寧，動搖清廷在東南的半壁江山，親自指揮駐守南京的滿、漢兵丁出城截殺明軍。

    自隨魯王興軍抗清以來，不論是張名振還是張煌言都精於水戰而弱於步戰。尤其二人麾下兵馬陸戰實力更遠遠弱於清軍，又無騎軍佐應，因此雖憑水師之利震動南京，但在實力遠強於他們的清軍打擊下。二張無法在江面上持久下去，更無法在岸上立足。

    有鑑於無法在陸上擊敗清軍，又受制於糧草補給，張名振、張煌言在南京城外江面上僅停留數日便再次率舟師緩緩東下退出長江。雖說這次攻入長江和前兩次一樣都沒有對清軍造成一定殺傷，更沒有攻府奪縣。但對清廷的震動卻是極大，也使沿海抗清力量和江南士紳認識到明軍水師對清廷的威脅之重。

    事實上張名振和張煌言籌劃的三入長江之役的真實目的除了試探清軍在江南的防衛力量，還在於聯絡長江兩岸反清復明人士，另外也想呼應正在攻打廣東的李定國和在湖南和清軍僵持的孫可望，以圖達到聯絡東西，會師長江，恢復大江南北的宏偉計劃。

    第一次進入長江時，張名振便派人密會原弘光朝禮部尚書錢謙益、魯監國所封仁武伯姚志卓、魯監國政權都察院左都御史加督師大學士銜李之椿，除將魯監國治下抗清局面加以告之外，另外請求他們能夠提供一定錢糧支持。隨後的二入長江和三入長江。張煌言更是說服張名振，親自化裝成遊方道士秘密會見原南明兵部侍郎張仲符、明宗室朱周?、原兵部職方司主事賀王盛、生員睦本等一大批覆明志士。

    以錢謙益為首的原明朝一部分士紳一直在清統治區內秘密從事復明活動,在西南永曆朝廷和東南海上水師之間搭橋的主要策劃人就錢謙益和姚志卓。張煌言更知道永曆朝廷大學士文安之一直同錢謙益有書信往來，姚志卓更是親自從貴州帶回永曆朝廷和秦王孫可望的大批文書。正是因為錢謙虛益和姚志卓的支持，張名振和張煌言才能夠暢通無阻的三入長江全身而還。

    對於錢謙益所籌劃的聯絡東西、會師長江的方案，張煌言是打內心深處極力贊同的，早在永曆三年(偽清順治六年)，錢謙益就給門生時任就歷朝廷留守桂林大學士瞿式耜的密信中就提出中興之基業，關鍵就是順江而下奪取江南，將南都控制在手。

    二入長江張煌言秘密去見錢謙益時，錢便將用兵比作為弈棋,他對張煌言說道:「人之當局如弈棋然,楸枰小技,可以喻大。在今日有全著,有要著,有急著,善弈者視勢之所急而善救之。今之急著,即要著也;今之要著,即全著也。夫天下要害必爭之地,不過數