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    萬曆二十三年，宣祖冊封光海君為世子，並上表明朝請求批准。明朝答覆：「繼統大義，長幼定分，不宜僭差」，遂不許。光海君由是對明朝暗有怨言。

    萬曆二十四年、三十三年，朝鮮再次上表請求易儲，其時明朝也正為立儲的事情鬧得雞飛狗跳，遂均不許——似乎光海君是受了鄭貴妃和福王的連累。

    宣祖末年，朝鮮國內在立儲問題上也發生了激烈的爭吵，因為當時宣祖仁穆王后已經生有子（永昌大君，606年生），棄嫡立庶，與儒家宗法觀念不合。

    朝廷中的北人黨因此分裂為以李爾瞻為首、主張擁立光海君的大北派和柳永慶為首、主張擁立嫡子的小北派。小北派在光海君即位後受到打擊，柳永慶被賜死，小北派分裂成清小北和濁小北，而大北派則又分裂成骨北、肉北和中北三派。

    萬曆三十六年，宣祖大王病逝。事實上的世子光海君嗣位，並上表明朝，自稱權署國事，請求冊封。

    萬曆皇帝惡其專擅，不予理睬。但是當時東北亞的國際形勢已經發生了變化，新興的女真勢力對明朝構成了威脅。

    為了確保東北邊疆無虞，需要拉攏朝鮮，所以明朝在拖延了幾個月之後，於是年十月乃冊封李琿為朝鮮國王。

    光海君從被立為世子到登基的4年間，明廷5次拒絕冊封光海君（當時明廷也出現了與立儲有關的爭執。明神宗偏愛第三子朱常洵，欲立為太子，以禮部為首的滿朝文武強烈反對。

    最後，在60年，明神宗辨不過內閣，只好立長子朱常洛（即明光宗）為太子。因此，明朝禮部多次以非長子為由拒封光海君，堅持立長不立幼的立場），這在朝鮮歷史上史無前例，令光海君顏面盡失。

    繼位後，大明禮部仍拒絕冊封光海君為朝鮮王。

    在禮部的詢問下，使臣李好閔聲稱臨海君患有精神疾病，自願讓位於光海君，禮部於是派遣了兩名使臣親自前往漢陽拜訪臨海君求證。

    朝鮮使用大量白銀賄賂了使臣，終使禮部同意冊封。609年，敕使入漢陽，正式冊封光海君為朝鮮王。

    明廷的態度對光海君來說無疑是奇恥大辱，除了讓光海君對大明心存芥蒂（致使日後不願意出兵相助），更進步加讓光海君意識到只要臨海君在世日，自己的王位便坐不安穩，因此，臨海君是非死不可。

    李琿即位後，按照朝鮮仁祖後史書的說法，是「昏亂日甚，幽廢母后，屠兄殺弟」。從事實來看，後兩條倒也確實。

    光海君即位後，宣布仁穆王后為廢妃，囚禁在西宮（慶雲宮）內，自己則搬到新修復的昌德宮（東闕）去住。

    而對其王位威脅最大的兩個人——其同母兄、宣祖長子臨海君，和年僅兩歲的弟弟，宣祖嫡子永昌大君，則分別於609年和64年被害。

    李琿即位後不久，即有三司官員彈劾臨海君。雖然光海君表示不忍，但是就在同天，光海君未經推鞠審問，便採納三司（即弘文館、司憲府、司諫院）的提議，以私藏軍器、陰養死士、在宣祖殯天當日密謀出兵篡位、私協武器入宮等四條逆反罪名將臨海君流放，關押圍籬。官員們沒有對此提出異議，雖然此事由北人打頭，但是南人和西人也不約而同地支持除去臨海君。

    之後，不斷有上疏要求處死臨海君，光海君沒有首肯。609年，臨海君被流放地守衛李廷彪殺死。表面雖傷心欲絕，光海君卻沒有下令追查，也沒有懲罰李廷彪，只讓其呈上份報告書。光海君為了避免背負殺兄的道德污點，以甸人殺害（指示守衛或地方官員秘密將流放的罪人處死，指示人通常為在位者，以此避免公開處死想要除去的人，保證自己公義正直的形象）的方式秘密處死了臨海君。

    七庶獄事發生在63年4月，故亦可稱癸丑獄事，群西人黨名門後裔（頭目包括：故相朴淳之庶子朴應犀；故牧使徐益之庶子徐羊甲；故監司沈銓之庶子沈友英；故副相朴忠侃之嫡子朴致毅；西人黨名儒金長生之庶弟金慶孫；故判書金睟之嫡孫金斐）以搶劫和謀殺的罪名被捕，其中人坦誠欲擁立永昌大君篡位，引發黨爭，牽連無數，連仁穆大妃也被牽扯其中。名被供出的高官朴東亮招供：宣祖病重時，仁穆大妃殿中宮女對懿仁王后之像施展巫術，以求延續宣祖之命（《光海君日記》的編寫者亦有澄清，被詛咒之人其實乃光海君生母