水，屬外流水系；西北側的石羊河、黑河、托來河、疏勒河、黨河，屬河西走廊內陸水系；哈爾騰河、魚卡河、塔塔棱河、阿讓郭勒河，屬柴達木的內陸水系；還有青海湖、哈拉湖兩獨立的內陸水系。河流流量年際變化較小，而季節變化和日變化較大。祁連山脈東部的烏鞘嶺、冷龍嶺、日月山一線是中國西北地區內流區與外流區的分界線。此線以東的莊浪河、大通河、湟水皆匯入黃河，此線以西的河流皆為內流河。

    祁連山區植被較好，有許多天然牧場。自海拔2000m向上，植被垂直帶分別為荒漠草原帶（海拔2000道2300m）、草原帶（2300道2600m）、森林草原帶（2600道3200m）、灌叢草原帶（3200道700m）、草甸草原帶（3700到4100m）和冰雪帶（>4100m）。其中森林草原帶和灌叢草原帶是祁連山的水源涵養林，大通河、石羊河、黑河等河流發源於此，是河西走廊綠洲的主要水源。祁連山區的氣候變化會直接影響其周圍植被的好壞，從而影響當地經濟的發展。

    為保護祁連山地區的生態環境，國家於1988年成立了「祁連山國家級自然保護區」。是甘肅省面積最dà 的森林生態系統和野生動物類型的保護區，地處甘肅、青海兩省交界處，東起烏鞘嶺的松山，西到當金山口，北臨河西走廊，南靠柴達木盆地。地跨天祝、肅南、古浪、涼州、永昌、山丹、民樂、甘州八縣（區）。下設22個保護站，155個護林站（點），3個木材檢查站，1個森林公安局，21個森林公安派出所，全區共有林業職工1466人。區劃面積272。2萬公頃，林業用地60。7萬公頃，分布有高等植物1044種、陸棲脊椎動物229種，森林覆蓋率21。3%，境內有冰川2194條、儲量615億立方米，是中國西北地區重要的水源涵養林區，每年涵養調蓄石羊河、黑河、疏勒河三大內陸河72。6億立方米水源。

    祁連山的平均山脈海拔在4000米～5000米之間，高山積雪形成的碩長而寬闊的冰川地貌奇麗壯觀。海拔高度在4000米以上的地方，稱為雪線，祁連山的雪線之上，常cháng 會出現逆反的生物奇觀。在淺雪的山層之中，有名為雪山草甸植物的蘑菇狀蠶綴，還有珍guì 的藥材——高山雪蓮，以及一種生長在風蝕的岩石下的雪山草。因此，雪蓮、蠶綴、雪山草又合稱為祁連山雪線上的「歲寒三友」。祁連山草原，它的代表大馬營草原在焉支山和祁連山之間的盆地中。每年7、8月間，與草原相接的祁連山依舊銀裝素裹，而草原上卻碧波萬頃，馬、牛、羊群點綴其中。

    祁連山的淺雪的山層之中，有名為雪山草甸植物的蘑菇狀蠶綴，還有珍guì 的藥材——高山雪蓮，以及一種生長在風蝕的岩石下的雪山草。因此，雪蓮、蠶綴、雪山草又合稱為祁連山雪線上的「歲寒三友」。 祁連山草原，它的代表大馬營草原在焉支山和祁連山之間的盆地中。每年7、8月間，與草原相接的祁連山依舊銀裝素裹，而草原上卻碧波萬頃，馬、牛、羊群點綴其中。

    祁連山地具典型大陸性氣候特徵。一般山前低山屬荒漠氣候，年均溫6℃左右，年降水量約150毫米。中山下部屬半乾旱草原氣候，年均溫2～5℃，年降水量250～300毫米。中山上部為半濕潤森林草原氣候，年均溫0～1℃，年降水量400～500毫米。亞高山和高山屬寒冷濕潤氣候，年均溫-5℃左右，年降水量約800毫米。山地東部氣候較濕潤，西部較乾燥。

    祁連山的夏日塔拉草原，東邊是圍繞焉支山的大馬營灘。焉支山氣候溫暖，森林密布，山崗上長滿了銀白色的哈日嘎納花，山下的川地草原一望無際，天蒼蒼，野茫茫。夏日塔拉東邊肅南裕固族自治縣的西嶂—東嶂草原，每當夏季開滿了金色的哈日嘎納花，整個草原一片金黃。溫情厚道的堯熬爾牧人馱著自己的白帳篷黑帳篷、趕著畜群，整個夏營地的期間就在這金色花海中遊蕩。」祁連山的原始森林景區更是風光迷人，立夏之後，山林之中一片一望無際的綠色海洋。祁連山的原始森林區內，有15。7萬公頃，200多萬立方米的森林資源。是青海省較大的林區之一。這裡有雲杉、圓柏、楊樹等林木以及鞭麻、黑刺、山柳等灌木。此外，祁連山的密林雪嶺之中，還有許多遊蕩的鹿群或奔跑，或徘徊其間，野趣濃烈，生態優美。