同胞！當然，這也引起了蘇聯內部溫和派的恐慌，新上任的蘇共中央總書記戈巴契夫緊急與美國總統里根通話，里根總統承認有一個美國資深間諜theboss叛逃，向以蘇聯「格魯烏」金上校為代表的軍隊強硬派提供了新型的微型核彈，造成了殘酷的核打擊。戈巴契夫直言，此次事件將壯大蘇軍強硬派，並有可能導致他的下台，而軍隊強硬派一旦上台只會使業已緊張的局勢更加惡化，第三次世界大戰只會是一個時間問題，要求美國方面動用一切辦法消除此次麻煩（殺死美國叛逃人員theboss），而蘇聯將會在一定範圍內給予其支持。

        死裡逃生的梅森第二次被國家派入蘇聯境內，這一次是從一架sr－71「黑鳥」超遠程偵察機的空投倉中進入………這一次梅森有了一個金髮美女伊娃（伊娃）的支持，而要面對的敵人也更加可怕：由theboss以前親手訓練的異能特種部隊「眼鏡蛇」（成立於二戰時期，由美蘇雙方共同組建，年輕時候的theboss就是其隊長，為打擊納粹法西斯立下了汗馬功勞，只是由於冷戰的爆發，眼鏡蛇部隊解散，隊員們為了各自的國家立場相互殘殺）！他們中有擅長狙擊，可以數月乃至一年不進食，等候獵物的theend；舌頭經過分叉改造，手持劇毒弩弓，擅長叢林作戰的thefear；渾身都是馬蜂，使用聲音指揮馬蜂攻擊thepain；身穿黑色的防彈太空服，使用火焰噴射器的thewolf以及擅長精神攻擊的鬼魂奧爾娜（原是theboss的戀人，但由於國家立場不同，奧爾娜死於theboss槍下，他們兩人的孩子也被不明身份的人抱走）！梅森經過艱苦的戰鬥終於將「眼鏡蛇」部隊打敗，順利地獲取了shagohod的技術情報和神秘的「哲學家」遺產晶片。而金上校在出動shagohod追擊梅森時，由於奧賽羅特對其為人鄙視不予援手，結果反被梅森收拾。

        最後，經過一番激烈的較量，theboss被自己的學生梅森打敗，theboss最後對梅森的教導就是殺死自己，梅森舉槍親手殺死了自己的導師，然而他的心中卻沒有完成任務的喜悅，只有無限的惆悵。隨後，梅森帶著伊娃亡命般逃向國境線，兩人在一個小木屋中度過了一個浪漫的夜晚……在兩人漏*點的一夜後,第二天梅森發現伊娃不知何時已經走了.只留下了一盤留聲帶。伊娃留言告訴梅森,其實她並不是真正的伊娃，真正的伊娃都是男的，她從一開始就冒充了伊娃，而假裝成kgb（克格勃）的間諜，潛入了gru（格魯烏），所有的人都被她騙了，其實她的真實身份是來自東亞某國（地球人都知道的，嘿嘿）的特工，除了美國、蘇聯，其中那個國家也早就對「哲學家遺產」虎視耽耽了，沒錯，伊娃她本人就是「哲人」之一，曾在美**事機構里受訓，而在那裡，恰巧theboss是她的教官，因此她成功了騙了所有人，但是騙不過theboss。theboss一開始就什麼都知道了。theboss最初叛變也是美國高層的指示，因為只有他那樣的重量級人物投靠對方，才能迎取對方的充分信任，而事情變化得很快，那次核爆炸後美國為了證明自己的清白，不得不捨棄他，為了效忠自己的國家，他也只能接受自己必須得死這個事實。他什麼也沒有埋怨，因為這就是任務，軍人就應該為任務而效忠至死。為了不妨礙你完成任務，他是絕對不可能當面告訴這一切真相的，他只是希望你能知道幕後的這一切，所以她最後救下了我，通過我來傳達給了你........本來我的任務是把「哲人計劃」晶片到手後，殺死一切知情人的，但我沒有殺你，不是因為我愛你，也不是因為你曾經救過我，而是我答應過theboss的一個諾言，我必須遵守它。

        梅森回到了美國，由於出色的完成了任務，被裡根總統授於榮譽勳章。他麻木地望著紛紛前來道賀的眾人....鎂光燈在四處閃耀....墓園裡，梅森手持鮮花與theboss生前的武器來到了theboss的幕前，伊娃那最後幾句話還停留在他耳邊－－－－「梅森，theboss為了效忠自己的祖國不惜背上叛國的罪名而遭人唾罵，而他選擇了默默的承受唯一的希望就是希望在你的記憶中，他並不是作為一個傳授你技術的戰士，而是作為一個父親！他才是無愧的英雄，是一個真正的「愛國者」－－－－－梅森莊嚴的敬上一個軍禮，潸然淚下...