出於戰爭形勢和實際戰鬥指揮需要，周士相決定組建軍一級編制。根據他的要求，軍部將從現有各鎮中選出10個鎮的精銳合編為5個軍。每軍下轄兩鎮，一個為純火器鎮，一個為步騎合編鎮。各軍實際定編戰鬥人員21000人，非戰鬥人員（後勤、參謀）2000。

    新組建的軍編製取消衛一級，由伍、隊、營、團、旅、鎮六級構成。

    一軍之將稱為軍長，以下為鎮將、旅校、團長、營官、隊正、伍長。軍長為都指揮銜（正二品），鎮將為指揮使銜（正三品），旅校為指揮同知銜（正四品）、團長為千戶銜（正五品）、營官為百戶銜（正六品）、隊正為總旗銜（正七品）、伍長為總旗銜（正八品）。

    各軍仍編安軍使，軍一級安軍使稱總鎮，指揮使銜（正三品），鎮以下各級安軍使依等降級，鎮安軍使為指揮同知銜（正四品），旅一級為指揮僉事銜（從四品），團一級千戶銜（正五品）、營一級百戶銜，隊一級為總旗銜。伍一級不設安軍使。

    除正式確定各級指揮和安軍使的職秩品級外，新建的軍編制設參謀部，部之長官稱參謀長，職銜略低軍長和總鎮，為從三品銜，負責一軍日常訓練和戰鬥指揮及情報搜集判斷、軍令文書等事。

    軍參謀部下轄戰鬥工兵（營編制）、傳令特務兵（隊編制）、作戰參謀室（團編制）三個機構。

    除新設參謀部外，軍一級增設後勤司，司之長官稱輜重官，銜定從四品的指揮僉事，下轄一個負責糧草輜重的運輸營。除與軍部直接交接糧草軍餉事誼外，輜重官還要負責和地方對接，如軍營安置、地方交道等事。

    除增設參謀部、後勤司、取消衛一級編制外，各軍訓練和號令方面仍如從前。士兵仍分銳兵（老卒善戰者）、選兵（新入軍者），如需補充，則由在鄉保安隊挑選（備兵）。戰功評定和晉升方面，暫不變動。

    新建的這五個軍將是太平軍的五大主力，戰鬥在最前，補充也是最優。在軍部提交的方案上，周士相第一次以公文形式明確了士兵退伍安置辦法。此辦法規定，士兵在軍中服役滿三年後，若未能晉升軍官，則給予退役轉鄉安置。

    因目前太平軍治下還沒有大規模的工業誕生，即周士相前世所知的國營企業，故而無法提供足夠的工作崗位給這些退伍士兵，因此退伍兵的安置暫時只有縣鄉村的保安隊和鄉村一級政權的管理崗位可以接收落實。

    除了安置外，士兵從軍中退伍後，可以一次性領取相當於白銀一百五十兩的糧票，並且在地方有一定話語權，再結合其入伍後家庭可以得到的軍屬優待，意味著從今往後，士兵不再是單純消耗的炮灰，而是一個可以提高改善家庭生活條件的好「工作」。前提是，能夠活下來。當然，如果不幸戰死，其家屬也可以得到一筆數目不小的撫恤金。但，再多的錢都沒有活著重要。

    在一條條新建軍的組建條例中，有一條格外的顯眼，也格外的讓人動心。這一條便是士兵除了以戰功晉升外，還可以通過考取太平軍開辦的武備學堂轉為軍官。

    士兵退伍後，因為學識有限，大多只能安置在鄉村，但軍官若是退役，則可以在各級官府任職。如旅校如果退役，可以擔任知府，總旗可以擔任縣令，不過在此之前，他們必須先在相關衙門歷練一至三年，通過吏部的考核後方能實任。

    這一條是周士相給自己部下在朝堂上開的一個後門，因為經過三大案、江南暴亂及南都正在發生的事情，他已經清楚認識到這個時代的讀書人大半是不可能為他所用，所以他將過往對讀書人的幻想徹底放下，轉而開始全心全力打造扶持完全聽命於自己的新官僚。

    什麼人和自己榮辱與共，什麼人知道人活著最需要什麼，什麼人最能知道韃虜的可怕，什麼人才能毫不遲疑的支持自己，無疑，周士相認為的答案只有一個，那就是他麾下的太平軍將士們。

    雖然，大量的退役軍官充實到地方大小衙門，會引起相當長時間的政務混亂，致使官府運作效率變得低下。畢竟，軍官們習慣了帶兵殺敵，習慣了在死人堆里打滾，心性上也不將人命不當一回事。並且軍官的性格普遍暴躁，做事武斷，和官場上的老油條比，缺乏經驗，缺少圓通，有些事情由他們辦的話，恐怕效果會適得其反。但周士相仍是毅無反顧的決定推行此辦法，他也做好