浙江巡撫佟國器八百里加急奏報鄭軍有可能兵犯長江後，順治和內大臣們嚇得不輕，立即下令浙江和江蘇清軍集中駐守，加強沿海府州防禦，另傳旨於河南、江西、山西、山東各省抽調兵馬，由安親王岳樂統一指揮，分批向江寧增援，同時催促各部辦備親征事從快，定於7月15御駕南征。因鄭軍有可能內犯長江，順治對於親征也是一刻也不敢耽擱了，不然要是南京丟了，這局面可真是一發不可收拾了，到時就算他親征，也未必能奪回南京。

    清廷大舉調兵遣將時，鄭軍在溫州地區徵集糧餉後，即移舟北上，準備入長江，攻取南京。於溫州北上舟山之際，延平郡王頒諭令：「官兵遠征，不無內顧；攜眷偕行，自然樂從。本藩統領大師，北伐醜虜，肅靖中原，以建大業。慮各勛鎮將領官兵，永鎮之時有為家之念，已經著兵、戶官撥趕繒船配載各眷；各令有眷官兵照依派船載來，暫住林門，候令隨行。」

    諭令頒布後，延平特地指派忠靖伯陳輝、宣毅前鎮陳澤領水師一鎮保護女眷船隻，隨軍行動。此令一下，鄭軍上下官兵無不欣悅鼓舞，只是苦了暈船的太太小姐們。

    部下有曾勸阻延平不當使婦人從軍，延平卻道此番北進長江，奪取南京有萬分把握，一來清軍由多尼統帶的主力已被太平軍封堵在雲貴，短時間內根本出不來。而駐防南京一帶的清軍兵力十分的薄弱，據江南復明人士提供的消息，南京一帶駐防的滿州八旗只由昂邦章京喀喀木所帶領的一支小隊伍，人數不足千人，其餘兵多是綠營，人數雖多，但根本抵擋不住鄭軍。我強敵弱，南京一下，鄭軍便將永鎮江南，何防婦人隨軍有損士氣一說。

    命攜家眷行軍，一來是延平對於奪取南京信心十足，根本不曾考慮會有失敗危險；二來卻是吸取從前教訓。當年延平率軍在外時，福建清軍便屢次趁虛而入，致使留在金廈的家眷死傷怠盡，嚴重影響軍心，使得日後鄭軍在外作戰時，上下將士都擔心金廈會被清軍再次偷襲。去年鄭軍大舉北上時，軍中便多有此擔心。經一年休整準備，再有廣東擁立唐王監國一事，延平對於奪取南京祭拜孝陵，占住大義之事已經刻不容緩，因此不容軍中有任何後顧之憂，這才命家眷一體隨軍。這樣奪取南京以後，也免得還要再派人回去接家眷。

    鄭成功和張煌言聯軍北上後，先是五月抵達浙江定海一帶，經過兩天激戰，全殲鎮守該地清軍，奪取了定海炮城，焚毀清水師船隻一百餘艘。奪取定海之後，鄭軍一方面製造進攻浙江寧波府的假象，吸引江蘇、浙江清軍來援，另一方面則分兵攻打福建沿海，以迷惑福建清軍。

    清廷坐鎮福建的內大臣達素被鄭軍行動迷惑，下令沿海收縮。南邊的廣東太平軍也再次向福建發起進攻，雖攻勢規模不大，但卻牽制了閩南清軍，使得達素更加惶恐不安，以為鄭軍和太平軍合兵要謀福建，只得不斷向江寧和浙江請援，同時往北京發去急報。

    清浙江巡撫佟國器卻判斷鄭軍大舉北上絕不單單是為了襲攏浙江沿海征糧這麼簡單，而是有可能入長江侵犯江寧城，故而向北京發去八百里加急，同時派人往江寧通報，請兩江總督朗廷佐趕緊部署長江防線，以免被鄭軍輕易入江。

    6月19日，在經過長達一個多月的戰術迷惑後，鄭成功終於率領兵馬16萬，分乘大小船艦3000餘只，從定海北上，分三路進發，由中提督甘輝統前軍，鄭成功親率兵將居中，總兵陳文達殿後，浩浩蕩蕩起航向長江口進發。

    鄭軍此番進長江，船隻兵力規模皆是龐大，其水師比之兩廣明軍戰船多出數十倍，清軍水師更是遠遠不如，以致沿海清水師遠遠見鄭軍戰船便望風而逃，不敢上前一戰。清吳淞提督馬逢知更是擁兵觀望，不戰不降。

    然鄭軍如此聲勢北上，軍中卻出了一敗類。進入長江之前，鄭軍前軍前鎮馬龍在浙江乍浦降清，隨馬龍降清的有五艘船，其中水艍船二隻，雙篷船二隻，水底船一隻，兵丁及家屬男婦共一百四十餘名口，可是攜帶的裝備竟有紅衣炮十三位，銅百子炮四十五位，三眼槍、鳥槍十桿，火藥四十二桶，連桶共重一千八百八十九斤，紅衣鐵彈一千六百六十三出，百子鐵彈一百八十二桶，連桶共重八千八百九十九斤，鐵碎子一百零五桶，連桶共重五千一百九十斤，鐵盔甲四十二頂，鐵甲二十六身，鐵蔽手九副，鐵裙九條，鐵遮窩十四副，還有棉盔、甲、刀