朱儁屢予阻止。董卓為求朱儁支持自己，上表漢獻帝提任朱儁為太僕。使者去向朱儁宣示詔命時，朱儁不受，但再次表示反對遷都。

    董卓最後還是強行遷都長安。留於洛陽的朱儁，便和山東諸將通謀，表示願作內應，圖除董卓。不想消息泄露，引起董卓戒備。朱儁害怕董卓襲殺自己，棄官逃往荊州，然後傳信各個州郡，召請部隊討伐董卓。徐州刺史陶謙派來精兵三千，並上表奏任朱儁代理車騎將軍。董卓派李傕、郭汜率軍抵擋朱儁，並擊敗朱儁。朱儁退至關下，不再前進。

    董卓死後，李傕採信太尉周忠、尚書賈詡的計策，以天子之詔徵召朱儁入朝。陶謙等部將皆勸朱儁拒絕，朱儁以"為臣不可違天子令"為由，奉詔入京接替周忠的太僕之職，錄尚書事。兩年後，天上出現日食現象，朱儁被免太僕職，任代理驃騎將軍，持節鎮撫關東。尚未出行時，李傕、郭汜發生內訌，相互攻殺，長安大亂。李傕劫持漢獻帝到自己的營中，獻帝命朱儁和太尉楊彪等人去說服郭汜，讓他與李傕和解。郭汜不僅拒絕，而且將朱儁、楊彪等扣為人質。朱儁性烈，激憤大怒之餘，驟然而死。

    《全後漢書》有朱儁的作品一篇：《奏上靈懷皇后尊號》。北宋年間成書的《十七史百將傳》中，朱儁位列其中。

    朱儁兒子朱晧，官至豫章太守。另有一說，交州刺史朱符應是朱儁長子，但因其名聲不佳，恐給朱儁形象抹黑，故《後漢書》等未有記載。

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